Gemiyi hareket ettirebilmek için 3 çeşit yönetim aracını kullanırsınız. Bunlar:
Çapa (anchor/capstan): Geminizin park edilmiş biçimde kalmasını sağlar. Oyuna girdiğinizde çapa kapalı haldedir. Gemiyi hareket ettirebilmek için ilk önce bunun yanına gidip kaldırmanız gerekir.
Yelkenler (sails): Geminizin yolculuk yapabilmesi için gerekli olan enerji bunlar sayesinde elde edilir. Yelkenlerin yönetimi için 2 ayrı nokta bulunur, makaraya benzeyen şey ile yelkeni sağa veya sola çevirebilirsiniz, iplerin bağlı olduğu diğer kısımla da yelkenleri açıp toplayabilirsiniz. Yelkenleri rüzgarı alacak biçimde ayarlarsanız daha hızlı yolculuk yaparsınız denizde. Rüzgar tam karşıdan geliyorsa yelkenleri rüzgarı karşılayacak şekilde çevirmelisiniz. Bu başlığa dair detaylı bir çeviri var rehberin sonunda.
Dümen (wheel): Geminin direksiyonu. Gemiyi istediğiniz tarafa çevirebilmek için bunu döndürerek manevra yaparsınız. En küçük gemide 2 tam tur, en büyük gemide 4 tam tur dönebilir. Dümeni uzun süre boş bırakmayın. Çünkü dalgalar ve rüzgar, geminizi rotadan saptırabilir ve haritadaki yönünüzün tersine gitmenize sebep olabilir. Ayrıca haritada göremediğiniz kayalara toslayıp hasar alabilirsiniz.

Gemilerin her iki tarafında top (cannon) bulunur. Bunları kendinizi savunmak veya düşman gördüğünüz herhangi bir varlığa saldırmak amacıyla kullanırsınız. Gövdesi top isabeti almış bir gemide delik açılır ve içeriye su dolmaya başlar, tamir edilmezse gemi batar. Topları kullanabilmek için önce gülleler (cannonball) ile doldurmanız gerekir.

Oyuna her başladığınızda gemide bulunan kırmızı renkli fıçıların içinde bir miktar gülle hazır olarak bulunur. Yolculuğa başladığınızda her ihtimale karşı bu topları doldurmalısınız ki potansiyel bir savaşta hızlı karşılık verebilesiniz.

Toplarla düşman gemisini batırmak için saldırırken aynı zamanda o gemilerin yönetim araçlarına da zarar verebilirsiniz. Oyuncu gemilerinin yelkenleri, dümeni ve çapası top darbeleriyle kırılabilir. Düşman gemilerinin hareket kabiliyetini kısıtlamak için yapılır bu. Dümenin kollarını kırdığınızda dönmesi zorlaşır, direği kırdığınızda inerek yelkenler işlevsiz hale gelir ve çapanın kollarını kırdığınızda çapa çözülemez hale gelecektir.

Geminiz herhangi bir saldırıdan dolayı veya bir yere çarptığınız zaman hasar aldığında tahta (plank) yardımıyla onu tamir etmeniz gerekir yoksa batarsınız. Bunlar geminin içinde kahverengi renkli üzerinde kalas resmi olan fıçılarda depolu halde tutulur. Elinize kalas alıp geminin yaralanan bölgesine giderek tamir etmeniz gerekir. Geminin 3 çeşit yönetim aygıtı hasar alabilir. Ayrıca geminizin dış cephesinde delikler açılabilir ve bu delikler geminizin su almasına yol açar.

Geminizde çok fazla delik varsa, bütün suyu boşaltmadan önce deliklerin bir kısmını tamir etmeniz gerekir yoksa durum kontrolden çıkabilir.