Šiška modřínu je menší než šišky většiny ostatních jehličnanů. Má charakteristický kuželovitý tvar a obsahuje semena modřínu, která jsou drobná a lehká. Po dozrání se šišky otevírají, aby uvolnily semena, která se pak větrem šíří do okolí. Modřínové šišky často zůstávají na stromě po celý rok, i když semena už byla rozptýlena.