Der Schabrackentapir ist generell sehr scheu und vorsichtig, im Bedrohungsfall verharrt er regungslos oder zieht sich ins Wasser zurück. Gerät ein Tier aber in Panik, läuft es blindlings durchs Gebüsch. Wenn notwendig, verteidigt sich der Schabrackentapir mit Bissen seines kräftigen Vordergebisses. Nur selten verhält sich der Schabrackentapir gegenüber Menschen aggressiv. Zu den natürlichen Feinden gehört weitgehend der Tiger, der als guter Schwimmer befähigt ist, einen flüchtigen Schabrackentapir auch ins Wasser zu verfolgen.