Eines schicksalhaften Tages macht sich Sora, ein vom Schlüsselschwert auserkorener Junge, auf, sich mit seinen guten Freunden Riku und Kairi zu treffen. Auf Befehl von König Micky wurde er auf dieser Reise von Donald und Goofy begleitet. Um die Welt zu retten, musste die Tür sowohl vom Reich der Dunkelheit als auch vom Reich des Lichts aus verschlossen werden. Daher beschloss Riku, im Reich der Dunkelheit zu bleiben.
Organisation XIII, eine geheimnisvolle Gruppe, die sich in den Schatten verborgen hält, ist Sora schon öfter begegnet und hat stets Konflikte verursacht. Das Schlüsselschwert war ein essentieller Bestandteil für die Vervollständigung von Kingdom Hearts, dem Herz aller Welten, das aus den Herzen ihrer Bewohner besteht.
Diese Konflikte wegen Kingdom Hearts geschahen auf den Befehl von Meister Xehanort hin, dessen Ziel der Schlüsselschwertkrieg war. Nachdem sie dies in Erfahrung gebracht haben, machen Sora und seine Freunde sich auf die Suche nach den sieben Hütern des Lichts, um der Dunkelheit zu widerstehen.
König Micky und Riku beginnen mit der Suche nach den vorherigen Schlüsselschwertträgern, während Sora, Donald und Goofy die Disney-Welten besuchen, um die Kraft des Erwachens zurückzuerlangen.

Die andere Geschichte, die sich während der Klimax von KINGDOM HEARTS III entfaltete.
Sora ist entschlossen, Kairi zu retten, und bricht kurz vorm finalen Kampf zum Schlüsselschwertfriedhof auf.
Ihm fehlt eine körperliche Form und er verfolgt die Spur der Herzen der Hüter des Lichts. Indem er ihre Kämpfe selbst erlebt, entdeckt Sora Wahrheiten, die er sich nie hätte vorstellen können.